九州通孵化器2005年被评为丰台区级孵化基地，2006年被选为北京市创业孵育协会副理事长单位，2006年12月获得了北京市科委颁发的“2006年度北京市优秀科技中介机构”的荣誉称号，2006年评为北京市专利试点工作合格单位，2006年成为日本岛津公司在京的示范实验室，2007年成为万全科技（中国）北京试验基地，2007年被科技部认定为国家高新技术企业创业服务中心，2008年被北京市科委认定为高新技术企业，2008年被北京市科委认定为“首都科技条件平台-北京医药企业技术服务平台”，2010年被北京市科委认定为北京高新技术产业专业孵化基地，2016年被认定为区级众创空间、2016年认定成“中关村国家自主示范区双创基地”、2018年认定成市级众创空间，2018年中关村国家自主创新示范区硬科技孵化平台-生物医药固体制剂成果转化服务平台等资质。